شامل ساختار ۴ بخشی، ۱- اتاق تهیه و آماده سازی محیط کشت ۲- اتاق انتقال ۳- اتاق رشد و ۴- اتاق یا گلخانه سازگاری است. کلیه مراحل شامل تهیه محیط کشت، انتقال به درون شیشه در شرایط هوای استریل، نگهداری در شرایط بهینه رشد و سازگارکردن گیاهان به شرایط محیط بیرونی در این فضا انجام می پذیرد.

۱- اتاق تهیه و آماده‌سازی محیط کشت: عمده ترین فعالیت در این اتاق شامل تهیه محیط کشت گیاهی، ضدعفونی و تقسیم محیط میباشد.
۲- اتاق انتقال یا اتاق استریل (Clean Room): این اتاق دارای شرایط بسیار خاص بوده و باید کلیه شرایط استریل در آن رعایت شود. معمولا این اتاق مجهز به لامپ UV بوده و هود لامینار جهت تأمین هوای استریل در این اتاق قرار میگیرد.
۳- اتاق رشد: در این آزمایشگاه، از وسایل و ابزار متعددی استفاده می‌گردد، معمولاً ۱۶ ساعت نور و ۸ ساعت تاریکی در اتاقک رشد تنظیم می‌شود .
۴- اتاق یا گلخانه سازگاری: با توجه به اینکه گیاهچه های تولید شده در محیط درون شیشه‌ای در نهایت باید به خاک منتقل شوند و به شرایط طبیعی عادت کنند، لازم است گلخانه‌ای که دما ، نور و رطوبت آن قابل تنظیم است در اختیار باشد . گیاهچه‌های تولید شده در آزمایشگاه ابتدا به پیت یا تورب منتقل شده و سپس در گلخانه قرار می‌گیرد .